紫外线杀菌原理是利用波长200到300nm的UVC紫外线光子照射微生物及各种细菌，破坏微生物及细菌DNA基因结构，使之失去繁殖复制能力，从而使其死亡。即紫外线灯管内部涂有荧光物质，灯管材质采用紫外线穿透率高的石英玻璃为保护外管，并利用核酸对低压水银放电灯的人工波长为254nm的紫外线有极大吸收值时，破坏细菌与病毒核酸（DNA）的生命遗传物质，与分子内产生激烈的化学变化使其无法繁殖。其中产生最重大的反应是核酸分子内的嘧啶（pyramiding）盐基形成了二量体（diner）。紫外线能有效地消灭水中细菌和病毒主要原因在于生成了嘧啶二量体，另外，紫外线在核酸内引起的“光水和反应”和核酸与蛋白质相互作用时的“光架桥反应”，也对其存在着影响。尤为可贵的是紫外线可以杀死一些常规化学方法如加氯难以杀死的细菌。
